ア　次のとおり国地方間の関与について一般の抗告訴訟の提起を認める積極説が通説である。

　「地方公共団体が広い意味での国家の統治構造の一環をなすことはいうまでもないところであるが、地方公共団体は、国から独立して自己の目的と事務をもつ公法人であるから、国と地方公共団体との間の争いがつねに機関訴訟であるというのは、妥当でない」（成田頼昭「地方自治の保障　著作集」(2011年　第一法規)131頁）。

　「地方自治の保障という憲法原理が妥当している現行法秩序においては、その有機的関連性乃至協力関係の保持が、国家関与における国家行政機関の意思の優越性という形で担保されるべきものとは考えられない。むしろ国家関与の根拠及びその態様が法律の留保に属し、その範囲内の関与にのみ地方公共団体が服従するとみるべきであろう。そうだとするならば、国家関与がその限界を越えた場合には、その是正手段が制度上存在していなければならないはずであるし、また、その是正の要求が、個別地方公共団体の自治権の侵害の排除という形を取る限りにおいて具体的権利義務に関する訴訟として、裁判所による救済の方法が認められると考えられる。地方自治の保障は、制度的保障と理解されるとしても、そのことと、裁判所の救済の対象と案る権利の存否とは別問題である」（塩野宏「国と地方公共団体」（1990年有斐閣）36頁）。「監督権の違法な行使は、地方公共団体たる法人が国に対して有する自治権の侵害にあたるのであって、日本国憲法の地方自治の保障の充実の見地からすると、これに対して、地方公共団体が裁判所に救済を求めることができ、その訴訟は、現行法では行政事件訴訟法の抗告訴訟に該当すると解される。」（塩野宏「行政法�V　第5版」（2021年　有斐閣）276頁）。

　「自治組織の自治権は個人の参政権ないし参加権を基礎としている。自治組織が自治権を究極的には裁判により貫徹する権能が認められないと、個人の参政権ないし参加権がそれだけ弱められることを考えなければならない。」「地方公共団体や国立大学の自治権のように、分節化等された行政の主体の権限が憲法に基礎を置く場合、その権限を他の行政機関が終局的に判断するのは、基本的に憲法の趣旨に沿わない。原則として訴権を認めるべきと考えられる。憲法が直接絶対的に保障する権限だけでなく法律等により形成された権限も貫徹するために訴権が認められるのは、私人の権利が法律等により形成されたものでも憲法上訴権を保障されるのと同様である」（山本隆司「行政の主体」『行政法の新構想�T』（2011年　有斐閣）108頁）。

　「国地方係争処理手続の一環としての関与取消訴訟は、本来的には、行政主体たる国と地方公共団体との間の独立法主体間の訴訟であるが、･･･地方自治法の特別の定めにより、「地方公共団体の長その他の執行機関」が原告となり、「国の行政庁」を被告として高裁に提起する機関間の特別な訴訟として、「機関訴訟」と定められたものである。従って、この訴訟自体は、「法律上の争訟」に当たらないと解されるが、関与をめぐる国地方間の訴訟が機関訴訟として法定されたことは国と地方公共団体の間のこのような紛争が、もともと裁判所法３条１項の「法律上の争訟」ではない、ということまでも意味するわけではない。」（人見剛「辺野古埋立承認撤回処分取消裁決の取消請求事件」（自治総研通巻546号49頁））

イ　和久調査官は、本件規定の主な趣旨は、都道府県の法定受託事務に係る処分については、当該事務が「国が本来果たすべき役割に係るものであって、国においてその適正な処理を特に確保する費用があるもの」という性質を有することに鑑み、審査請求を国の行政庁である各大臣に対してすべきものとすることにより、国の判断を都道府県の判断に常に優先させることを通じて、当該事務に係る判断の全国的な統一を図るとともに、より公正な判断がされることに対する処分の相手方の期待を保護することにあると指摘している。

ウ　和久調査官は、国の判断を都道府県の判断に常に優先させることを認めているが、係る考えは、国の行政庁を上級行政庁、都道府県の執行機関を下級行政庁とし、上下関係を認めていた機関委任事務を廃止するなどして国と地方公共団体とを対等な立場にするとした地方分権改革の趣旨に悖るものである。
　また、法定受託事務が本来は国が果たすべき事務であるから、国のみが正しい判断をすることができるとの考え方自体に問題がある。法定受託事務であっても当該事務は都道府県の事務であり、他の事務と同様に当該地域の実情に合わせて事務を行うのであるから、国の判断が公正であるとは限らないし、必ずしも全国的な統一を図る必要もない。国と都道府県との判断が異なるのであれば、司法機関である裁判所において判断するべきである。そして国の判断を最終的な判断とするのであれば、それは行政機関による審判を「終審」と認めたことになるのであって、これを禁じた憲法７６条２項に反する。

ア「憲法との関係について（憲法適合的解釈の要否）」について

　本判決は、国の裁定的関与を受けた地方公共団体に対する司法上の救済を否定するものであるため、憲法上の地方自治の本旨に反しないかが問題となり得るとして問題提起しつつ、憲法に違反しないと結論づけている。
　係る結論に至る理由として、裁決の適否を裁判上争う手段が確保されるという都道府県の利益と、裁決により簡易迅速かつ実効的な救済を受けられるという私人の利益とが対立するところ、前者が後者に当然に優越すると解すべき憲法上の根拠があるとまでいい難く、前者の利益を保護することが「地方自治の本旨」と成すとまではいい難いことを挙げている。
　本件における「私人」とは、沖縄防衛局であり国の機関である。沖縄防衛局に関しては、行審法７条２項にいう「固有の資格」に関する事件において、最高裁は「固有の資格」性を否定した（最高裁令和２年３月２６日第一小法廷判決民集７６．３．４７１）。この令和２年判決は批判が多いところ、仮に同判決に従って上記利益衡量を検討するに、後者の「私人の利益」とは沖縄防衛局の利益であり、その利益の帰属主体は国に他ならない。とすると、都道府県の利益と国の利益とを秤に掛けることになり、後者すなわち国の利益を重視したに等しい結論となってしまう。係る結論は、地方公共団体と国とを対等な関係とした地方分権の趣旨にするものである。令和２年判決を当然の前提とした利益衡量は、公水法の処分の相手方が沖縄防衛局という国の機関であるという本件の特殊性を考慮しない形式的な解説といわざるを得ない。また、批判の多い令和２年判決を前提とするのであれば、同判決を支持する理由を明確に示したうえで説明をすべきであったと思われる。

イ「公物管理権との関係について 」について

　「都道府県知事が公有水面埋立法４２条１項に基づく承認の取消しをした場面については、仮に当該取消しがその対象である水域に対する管理権の行使に該当すると評価し得るとしても、当該管理権の内実は、飽くまで当該取消しに係る権限そのものに他ならないといわざるを得ないであろう。そうすると、本件裁決については、Ｘが原処分である本件承認取消しをした執行機関の所属する行政主体としての地位から完全に独立した利益を有するとは認め難い。」として、「法律上の利益」は認められないとした。
　和久調査官の上記解説は、公有水面が国の所有に属することや、都道府県知事は国土交通大臣の監督を受ける立場にあることなどを理由として、「法律上の利益」を否定した原判決の考え方と軌を一にするものである。しかしながら、係る考え方に対しては、公有水面が国の所有に属するとされるのは、あくまでも財産管理であり、しかも法定受託事務として都道府県が管理していることからすれば、機能管理については地方公共団体の自治権の内容としての一般管理に服しており、海域も含めた区域の空間管理は、地方公共団体の本来的任務である、との沖縄県側の上告理由に対して何らの反論もしていない。一方的に見解を示すだけでは解説としては不十分である。